אני נוטה להשתמש ב Ensembl Biomart לשאילתות כאלה מכיוון שיש ממשקי API לשפות תכנות שונות, למשל. biomaRt, ואולי יותר מעניין, באמצעות REST API (אם כי זה די נורא).

כדי לתרגם מזהים ממאגרי מידע שונים, המשך כדלקמן:

1. בחר מסד נתונים "Ensembl genes"
2. בחר מערך נתונים האוגניזם הרצוי שלך
3. המשך "מסננים" ›“ גן: ”› “קלט רשימת מזהים חיצוניים להזנה”
   1. בחר את מסד הנתונים של המקור שנבחר
   2. ספק רשימת מזהים, תחומה על ידי קו חדש
4. עבור אל "תכונות" ›" גן: "> בטל את הסימון של" מזהה יציב תמליל "
   1. אם רוצים מזהי אנסמבל, השאר את המסמך" מזהה יציב גנטי "...
   2. אחרת בטל את הסימון; עבור אל "חיצוני:", סמן את פורמט המזהה הרצוי
5. לחץ על "תוצאות" בפינה הימנית העליונה. זה נותן תצוגה מקדימה שניתן לייצא לפורמטים שונים; לחלופין, לחצני המרכז העליונים "XML" ו- "Perl" מספקים את השאילתה ב- XML ​​(לבקשות SOAP / REST) ​​וכתסריט פרל להפעלה (מעוצב להחריד).

אם נוח לך לעשות מעט תכנות, עיין ב mygene.info (שירותי אינטרנט להערות גנים מכל הסוגים). תרגום מזהים הוא באופן ספציפי אחד ממקרי השימוש שמטופלים ב לקוח מוליך ביו (ראו את הוויניחה), ויש גם לקוח פיתון דרך פיפי. את התיעוד עבור mygene ניתן למצוא כאן.

אתה יכול לעשות את אותו הדבר באמצעות חבילה AnnotationDbi מבית Bioconductor. הורד את קובץ ההערות הספציפי לאורגניזם כמו org.Mm.eg.db עבור עכבר ומפה את מזהי הגן הנוכחיים לשמות הגן / סמלי הגן.

אתר ההמרות המועדף על מסדי גנים הוא db2db. אתה מספק רשימת מזהים באחד ממספר רב של פורמטים ציבוריים שונים ויכול לבחור מזהה אחד או יותר כמטרות תרגום. לאחר מכן הוא יעבור בדרכים ידועות שונות כדי לבצע את התרגום, ויבחר את מה שהוא קובע להיות המסלול האמין ביותר לקבלת המידע שביקשת. התוצאות מופיעות בדפדפן כטבלה, אך ניתן לייצא אותן גם כקובץ אקסל, או כקובץ טקסט מופרד באמצעות כרטיסיות.

שים לב כי מיפוי הגנים ממסד נתונים אחד למשנהו אינו אחד. -מיפוי לאחד. ככל הנראה המקרה שיהיו כמה גנים במאגר המקורות אשר ימפו למספר גנים במסד היעד (ו להיפך ), וכמה גנים שאינם קיימים במאגר היעד. תופעות אלה ככל הנראה מהוות תוצאות "מגוחכות" שנראו כאן.

אני לא מעריץ ענק של מערכת BioMart של Ensembl כי אני מתקשה להשתמש בו. ל- Synergizer יש ממשק פשוט מאוד ועובד די טוב ברוב הרשימות. הערה: זה לא עודכן זמן מה.

ללא ספק האפשרות המועדפת עלי לעשות זאת באופן ידני היא PICR: http://www.ebi.ac.uk/Tools/picr/

BTW זה לא " מגוחך "לקבל דיווחים על מספר שונה של גנים עבור קבוצה מסוימת של חלבונים. מכמה סיבות:

1. מזהי Uniprot יכולים להיעלם, להתמזג או להתפצל
2. לא לכל מזהי ה- uniprot והגנים יש קשר 1 ל -1
3. תלוי במין סמלים גנים מסוימים יכולים להיות דו-משמעיים או שם נרדף.