כיצד לאמת שהורידו כראוי את ה- BAM?

EB2127

2018-05-09 02:03:46 UTC

view on stackexchange narkive permalink

כרגע יש לי כמה מאות קבצי BAM שהורדו על ידי מישהו אחר. אלה נותרו ללא פגע --- לפני שעבדתי איתם, ברצוני לבדוק שה- BAMs האלה הורדו במלואם.

אני לא MD5 בדיקות סיכום להסתכל.

על מנת לאמת את ה- BAM, הייתי משתמש במשהו כמו ValidateSamFile של Picard, https://broadinstitute.github.io/picard/command-line-overview.html#ValidateSamFile

  java -jar picard.jar ValidateSamFile \ I = input.bam \ MODE = סיכום

יכולתי לכתוב סקריפט bash ולרוץ דרך ה- BAM האלה ואז קרא את הפלט של פיקארד. זה לבדוק אם ה- BAM תקף, לא אם הוא הורד במלואו (למשל, ניתן להוריד את ה- BAM בצורה נכונה, אך מטבעו להיות פגום בדרך אחרת).

אם ה- BAM הורד באופן מלא, זה לא אין כמה בתים של "סוף הקובץ" שיכולתי לבדוק במהירות? האם ישנן שיטות אחרות יעילות יותר?