שְׁאֵלָה:
כיצד לחשב את הסיכוי לאי גילוי גן בהתחשב במגבלת הזיהוי של פרוטוקול
gc5
2017-12-19 06:24:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

ב- Shapiro et al., כאשר דנים על אובדן מולקולות כמקור לטעות ברצף של תאים בודדים, כתוב ש:

מקור נוסף של שגיאה היא הפסדים, שעלולים להיות חמורים. מגבלת הזיהוי של פרוטוקולים שפורסמו היא $ 5 $ - $ 10 $ מולקולות של mRNA. אם, ככל שנראה סביר, מגבלת הזיהוי נקבעת בעיקר על ידי הפסדים במהלך הכנת הדגימה, הדבר מעיד על כך שאיבד 80 $ - 90 $ \% $ מה- mRNA. או, אם לומר זאת הפוך, הפסד של 90 $ \% $ מוביל לסיכוי של כ- $ 50 \% $ לאי גילוי גן המתבטא ברמה של שבע מולקולות mRNA (מהתפלגות הבינומי). p>

כיצד מחשבים את ההסתברות הזו באמצעות התפלגות הבינום? חשבתי שהפסד של 90 $ \% $ תואם למולקולות שזוהו 5 $, ואני מניח ש $ k = 7 $ לחישוב הבינומי, אבל אני לא יכול להמשיך הלאה.

אחד תשובה:
Devon Ryan
2017-12-19 14:10:58 UTC
view on stackexchange narkive permalink

הפסד של 90% ניתן לנסח מחדש כסיכוי של 10% לזהות דבר. אז מה שאנחנו רוצים למצוא הוא ההסתברות לאיתור 0 מולקולות, כשאנחנו מתחילים עם 7 ויש לנו הסתברות של 10% להצלחה. פעם אחת ניתן לעשות זאת ב- R באופן הבא:

> pbinom (0, 7, 0.1) 0.4782969

אז ~ 50%, כפי שאמרו. אני חושד שחלק מהבלבול נובע מהעובדה שמגבלת הזיהוי נובעת מכך שהגנים / תעתיק המופיעים בצורה נמוכה מושפעים מאוד מהאובדן הזה. כך שההסתברות לגלות מולקולה אחת מתוך 4 מולקולות מקוריות (בהנחה שאובדן 90% mRNA) היא 34%, עבור 3 מולקולות זה 27%, עבור 2 זה 19% ול -1 זה 10%. אני חושב שהסף של 5 מוזכר יותר מכיוון שמדובר במספר עגול יפה מזה שיש משהו שונה במיוחד בזיהוי גן עם מולקולות 4 לעומת 5 (הסתברות 34 לעומת 41%).

קראתי שוב את תשובתך כדי להבין את המשפט הראשון. אם הבנתי נכון, המיפוי מהפסד של 90 $ \% $ לסכום של 10 $ \% $ מתרחש ומחשב את ההסתברות לזהות מולקולה אחת מתוך מולקולה מקורית של 1 $. ימין?
נכון, מכיוון שיש אובדן של 90% מכל האות, יש סבירות של 10% לאתר כל מולקולה נתונה.
איתור מולקולות אפס מתוך 7 ניתן לנסח מחדש ככישלון בזיהוי מולקולה, פי 7 באופן עצמאי. ההסתברות לכך היא 0.9 בחזקת 7. פייתון אומר לי (`0.9 ** 7`) שזה 0.4782969. זה כנראה המשמעות של המודליזציה מבחינת התפלגות בינומית, אבל בעיני זה הרבה יותר קל להבין במונחים של חישוב ההסתברות הבסיסי הזה.


שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 3.0 עליו הוא מופץ.
Loading...