שְׁאֵלָה:
כיצד אוכל להפיק מטריצת זהות ב- progressiveMauve?
JaredL
2017-05-29 05:01:03 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אני רק מתחיל עם יישור Mauve ואני מוצא את התיעוד מעט חסר. אני משתמש בכלי progressiveMauve משורת הפקודה ומעוניין להפיק קובץ מטריצת זהות. קבוצת קבצי הפלט שהיא מייצרת כברירת מחדל עבור progressiveMauve --output = outfile הם outfile , outfile.backbone ו- output.bbcols .

בתיעוד לכלי מופיע אפשרות - input-id-matrix אך נראה כי אין לכך כל השפעה. דף ה תיעוד לקבצי פלט מתאר קובץ מטריצת זהות אך אינו אומר דבר כיצד ליצור אותו.

שתיים תשובות:
Amar
2017-06-01 16:52:11 UTC
view on stackexchange narkive permalink
ל

תיעוד סגול יש פקודה דומה אך השימוש הוא --id-matrix = <file> . אז דומה מאוד לפקודה progressivemauve (פשוט לא כולל - קלט). נסה את זה ובדוק אם זה עובד.

אני חושב שזה באג בוודאות כי כמה אנשים אחרים ב- biostar התלוננו.

mgalardini
2017-08-31 14:18:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אכן נראה כי האפשרות --input-id-matrix אינה פועלת כמצופה, כפי ש עמאר ציין.

ניסיתי את הפקודה הבאה: 

  ./progressiveMauve genome1.fasta genome2.fasta genome3.fasta --output = test > test.log

וראיתי הביטים הבאים ב test.log (קטומים): 

  [...] מטריצת מרחק שימור הגנום: 0 0.0767545 0.1874540.0767545 0 0.1933850.187454 0.193385 0 [ ...] מטריצת מרחק תוכן גנום: 0 0.0767545 0.1874540.0767545 0 0.1933850.187454 0.193385 מטריצת מרחק 0bp: 0.9 0.0125 0.0750.0125 0.9 0.03750.075 0.0375 0.9 [...]

האם כל אחת משלוש הטבלאות יכולה להכיל את המידע שאתה מחפש?

ps כחוד, אם אתם בוחנים דרך להשיג מטריצת דמיון גנום שלם, כדאי לכם לבחון את מחית או סורמאש.



ⓘ
שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 3.0 עליו הוא מופץ.
Loading...