אתה יכול לעשות זאת ב- שלום.

הנה הקוד הגס לעשות זאת (0.1 גרסאות).

הגדרה:

ייבא את קובץ ה- .gen. VCF עובד גם הוא:

  dataset = hc.import_gen ('src / test / resources / example.gen', 'src / test / resources / example.sample')   קדם> 
 הפוך מחדש את סכימת הגנוטיפ וייצא ל- VCF: 
 
  dataset.annotate_genotypes_expr ('g = {GT: g.call (), DS: g.dosage ()}') \ .export_vcf ('/ tmp / out.vcf.bgz')  
 
 התבונן בדף  התחלת העבודה אם ברצונך לנסות זאת! 
 
 עלי לציין כי יתכן שתוכל לבצע ניתוחי QTL ב- Hail, תלוי בשיטה בה ברצונך להשתמש. ראה  פוסט בבלוג כאן. 

הממ, לא ידעתי שהתוסף קיים ולכן כתבתי סקריפט משלי כדי להמיר GP למינון אללים מינורי ב- github. אולי מישהו אחר ימצא את זה שימושי :) https://github.com/7methylg/VCF-GP-to-DS

יש תוסף המינון ל- bcftools, אך הוא מוציא רק ערכים המופרדים בין הכרטיסיות. לא יהיה קשה מדי להאריך את התוסף כדי להפיק VCF עם תג DS במקום זאת, אך זה עדיין לא נעשה. יש סיכוי טוב שה- bcftools devs יגיבו ל בקשת תכונות...

בכל מקרה, קוד זה:

  curl https: //raw.githubusercontent.com/samtools/bcftools/develop/test/convert.vcf > convert.vcfbcftools + מינון convert.vcf > output.tsvhead -2 output.tsv 

יש את פלט:

  # [1] CHROM [2] POS [3] REF [4] ALT [5] NA00001 [6] NA00002 [7] NA00003 [8] NA00004 [9] NA00005 [ 10] NA00006 [11] NA00007 [12] NA00008 [13] NA00009 [14] NA00010X 2698560 GA 0.1 0.0 0.1 0.2 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.1  

זה משתמש ב- bcftools גרסה 1.3.1 .

הנה קטע מהמדריך bcftools לתוסף המינון:

מינון

מינון הדפס גנוטיפ. כברירת מחדל התוסף מחפש PL, GL ו- GT, לפי הסדר הזה.