TW93
2018-02-01 23:05:44 UTC
האם ישנו כלי קיים מראש שיסדר את המספור של קובץ PDB?
ראשית, ברצוני למנות מחדש את השאריות בתוספות בכדי להפוך את האקודה לשאריות ממש בשרשרת (בכך אני מתכוון למספר משלו, ולהעביר הכל אחריו, כך ש 45 A הופך ל 46).
שנית, ברצוני גם למנות מחדש כך שכל שאריות יהיו בזו אחר זו, שכן יש דילוגים על המספור, למרות ששני השאריות נמצאות זו לצד זו.
אני יכול לעשות את זה עם סקריפט פיתון, אבל חשבתי שאשאל במפורש אם יש ספרייה או כלי קיים מראש?
התרחיש הגרוע ביותר שמצאתי זה סקריפט Perl שעושה דומה.
תודה.
"הפוך את האקודה לשארית ממש בשרשרת" - משהו מבולבל כאן. קוד הכניסה הוא חלק ממזהה השאריות, יחד עם מספר הרצף.
@marcin כן מצטער שאתה צודק, אבל למשל כשמשתמשים ב- PDB ביופיתון כדי לנתח את FASTA זה לא מזוהה והשרשרת נקטעת משם. אז או שאצטרך להתעלם ממנו (כפי שאני כרגע) או לשנות אותו מ -1, 2, 3, 3A, 4 ל -1, 2, 3, 4, 5.
@TW93 אתה כמעט בטוח רוצה להתעלם מהם, או להתמודד איתם בנפרד. הם * בדרך כלל * מייצגים סוגי בר / איזופורמים שונים. לְמָשָׁל. אותו חלבון בתוך מינים שונים המכיל כמה חילופי רצף קלים! אם אתה כולל את אותה שאריות פעמיים או יותר, ברור, זה יגרום לעימותים סטריים ולבלגן את כל החישובים שאתה מפעיל!
אני חושב שיש כאן בלבול בין קוד הכנסה לזהות מיקום חלופית. קודי הכניסה מאפשרים מספור מאוחד בין חלבונים ברצפים שונים במקצת, אך כל דבר עם מזהה שאריות ייחודי (מספר שאריות וקוד הכנסה) הוא שאריות נפרדות בשרשרת ולא ניתן להתעלם ממנו. לכן השאלה שנשאלת על ידי ה- OP תקפה. לא תרצה שיהיו מספר שאריות עם מזהה שאריות זהה, אך מספרים אחרים של מיקום חלופי יספרו מחדש, אך זו לא הייתה השאלה.