Peter
2018-05-23 21:03:02 UTC
אני מחפש שיטות ספציפיות לתאים בודדים כדי לבנות (באמצעות נתוני ביטוי גנים) תכונות חדשות המבטאות מסלול "רמה" או "פעילות", ואז להשתמש בהן לאשכול תאים.
אחת דוגמה ל- RNA-seq בתפזורת היא PLAGE, המיושמת בחבילה GSVA R.
מצאתי רק שיטה אחת ל- RNA-seq תא בודד שמתקרב: פגודה בחבילת scde R. פעולה זו מבצעת PCA עבור כל מסלול, תוך שימוש בגנים שלו.
שאלה דומה מאוד היא סיווג (למידה בפיקוח) של נתוני ביטוי ברמת המסלול, על נתונים בתפזורת / מיקרו מערך.
היי, אני מוצא קצת לא ברור את שאלתך, האם תוכל להבהיר אם ברצונך למצוא מסלולים (חדשים?) ב- scRNA-seq או כיצד לנתח scRNA-seq באמצעות מסלולים? אם המאוחר יותר, מה הבעיה בשיטות שאתה מזכיר?
אני לא מנסה למצוא מסלולים חדשים, אני רוצה להשתמש במידע ברמת התפקוד או הביולוגיה כדי לסווג או להבין את מגוון התאים. GSVA מיועד לנתונים בתפזורת, כך שאני עדיין לא יודע עד כמה הוא ישים על תאים בודדים. scde עשוי להיות טוב.
1) מסלולים עשויים (ככל הנראה) להשתנות עבור כל שורת תאים (ולמעשה אם זה לא מבידוד, אתה לא יודע אם זו שורת תאים אחרת או לא, אלא אם כן עקבת אחר זה איכשהו) 2) אנחנו לא לא יודעים מספיק על מסלולים וכיצד הם פועלים (כלומר, יש מעט מידע אמין זמין, מאגרי מידע שונים מגדירים שונה מהו מסלול, או על ידי אינטראקציות, עם קבועים קינטיים וכך על ידי מגע (אך אז באילו תנאים נמדדים אלה? )))
תודה שהצבנת לי על 'scde'. [מצאתי] (https://hms-dbmi.github.io/scde/pagoda.html) שהוא מזהה "מסלולים ידועים או מערכי גנים חדשים"