שְׁאֵלָה:
ייבוא ​​קובץ GFF עם ביופיתון
Alex Summers
2018-12-10 08:19:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

האם יש דרך לייבא קובץ GFF לאורגניזם עם Biopython באותו אופן שבו אתה יכול עבור קובץ Genbank?

לדוגמה, 

  מ- Bio ייבא את Entrez כ- ezez.email = '...' ידית = ez.efetch (db = 'גן', id = 'AE015451.2', rettype = 'genbank', retmode = 'xml') h = handle.read ( ) הדפס (h)

פעולה זו תייבא קובץ xml של Gebank עבור Pseudomonas putida. האם יש דרך לעשות זאת עבור קובץ GFF?

שְׁלוֹשָׁה תשובות:
conchoecia
2018-12-10 08:57:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

לא, כרגע אין תמיכה ב- GFF בביופיתון.

עם זאת, אתה יכול לקרוא בקבצי GFF לפייתון באמצעות חבילה זו, gffutils. יש גם כמה חבילות אחרות לקריאה / כתיבה של קבצי GFF, כמו gff3 .

Joe Healey
2018-12-12 01:53:27 UTC
view on stackexchange narkive permalink

הייתי משתמש ב- BCBio לטיפול ב- gff כפי שהוא נכתב כדי להתממשק ישירות עם מודל האובייקטים של BioPython.

החיסרון היחיד הוא שאני מאמין שהוא כבר לא נתמך באופן פעיל. עם זאת זו החבילה ש מסמכי BioPython משתמשים בה באופן כללי. ישנן תוכניות לשלב כראוי מנתחי GFF / GTF ב- BP בעתיד הלא רחוק, על פי קישור זה.

Daniel Standage
2018-12-13 20:35:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

מרבית מנתחי ה- GFF מטפלים במלאכת קריאת נתוני ההערות לאובייקטים לגישה נוחה לנתונים, אך רובם אינם מטפלים במשימה החשובה לפתור קשרים בין תכונות. תג ספריית פייתון עושה את שניהם, מקבץ תכונות קשורות יחד לצורך בדיקה, מעבר ועיבוד תכונות אחר תכונות.

CAVEAT : ספריית התגים תומכת רק ב- GFF3.

הצהרה : אני המפתח של ספריית התגים, אז זהו תקע חסר בושה. :-)



ⓘ
שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 4.0 עליו הוא מופץ.
Loading...