שְׁאֵלָה:
בסיס הידע של אתרי גוף האדם
floatingpurr
2017-07-05 20:23:27 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אני מחפש בסיס ידע קל משקל המתאר את גוף האדם לביאור של אתרי מחלות. אני לא זקוק לרמת פירוט רבה, אני פשוט צריך סוג של איברים בסיסיים / טקסונומיה של איברים תת. בדקתי את המודל היסודי של אנטולוגיה אנטולוגיה , אבל זה יתר על המידה למטרותיי ומסורבל באמת (Protege נכשל כאשר הוא מנסה לטעון FMA.owl).

האם יש בסיס ידע מקוון פשוט זמין לכך?

הצלחתי אגב לפתוח את FMA.owl בפרוטג'ה. זה לקח זמן וכמות ניכרת של מעבד ו- RAM אבל זה אכן עבד בסופו של דבר.
בסדר! כנראה שאין לי מספיק משאבי HW לטעינת FMA ואז לחלץ ממנה תת-קבוצה קטנה. זו הסיבה שחיפשתי משהו קטן יותר.
אני מציע שתפרסם שאלה חדשה השואלת כיצד לחלץ תת-קבוצה של אונטולוגיה קיימת. תן לנו קישור ל- FMA, הסביר מה אתה צריך (למשל, כמה עמוק אתה רוצה להיכנס לענפי האונטולוגיה) ובקש עזרה בהפיכת אונטולוגיה "דקיקה" ממנה.
שתיים תשובות:
cmungall
2017-08-13 02:00:42 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אני המפתח של אוברון ואשמח לעזור לך עם מה שאתה צריך, מאוברון או מה- FMA.

ציינת שאתה צריך משהו פשוט יותר מ- FMA. ישנם מגוון כלים ליצירת קבוצות משנה מותאמות אישית. בנוסף, יש אונטולוגיות המספקות קבוצות משנה מוכנות למטרות מסוימות.

לדוגמה, אנו מייצרים תת-קבוצה בשם 'basic.obo' מאוברון: http://uberon.github.io/downloads .html # תת-קבוצות

אתה יכול לבחון זאת ישירות ב- oboedit או ב- Protege5 (שים לב Protege5 מנתח obo כדי שלא תצטרך להמיר).

משאלתך לא ציינת שאתה זקוק לגישה פרוגרמטית, אך אם תעשה זאת יש מגוון אפשרויות, כמו גם ייצוא JSON ידידותי יותר למתכנת.

לרוב האונטולוגיות יש מספר אפשרויות שונות לאינטרנט גלישה, תוכל לראות כמה מהאפשרויות של אוברון כאן: http://obofoundry.org/ontology/uberon.html

ציינת את הערת אתרי המחלות. יתכנו כלים (שולחניים או מבוססי אינטרנט) שיעזרו בכך - למשל. מתן השלמה אוטומטית על פני תת קבוצה רצויה של אונטולוגיה.

ייתכן שתרצה גם לשאול את שאלתך ברשימת תפוצה כמו obo-discuss. למרבה הצער מפתחי אונטולוגיה רבים אינם קוראים את החלפת ה- stackexchange, אך רובם תמיד מעוניינים לשמוע על דרישות הקהילה, כדי לעזור להם לספק מוצרים טובים ושימושיים יותר.

Pierre
2017-07-05 20:33:56 UTC
view on stackexchange narkive permalink

חפש ב פורטל ביולוגי: לדוגמא: SNOMED , UBERON . , שים לב ש FMA זמין גם כ- RDF, csv וכו '...

אתה יכול גם לנסות להמיר FMA ל obo ולנסות לפתוח זה עם עריכת OBO

נראה כי SNOMEDCT הוא אונטולוגיה מלאה לכל סוג של נתונים קליניים, לא רק אנטומיים (למשל, הם כוללים מונחים כמו "מעשן" או "תצפית") אשר יהפכו אותו למורכב בהרבה מ- FMA ש- OP ניסתה. כמו כן, נראה כי אוברון הוא אונטולוגיה חוצה מינים אשר, שוב, תהיה מורכבת יותר, לא פחות מ- FMA. אם אני מבין נכון, ה- OP רוצה משהו פחות שלם ופחות מורכב מ- FMA.
כן @terdon, אתה צודק. אני מחפש משהו פשוט וקטן יותר מ- FMA.
@Pierre, אני חושש שאובדיט מתפקדת אפילו פחות טוב מ- Protege


ⓘ
שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 3.0 עליו הוא מופץ.
Loading...