זו שאלה של תיאוריה / פרקטיקה טובה יותר משאלה טכנית. אם מתוכננות דוגמאות על פי הקרנת PCA של נתוני ביטוי גנים, אני תוהה האם זה סטנדרטי (ואם כן, מדוע) למרכז את המחשבים ולגדלן אותם. במקרה זה המשתנים (הגנים) נמדדים באותו קנה מידה, כך שאני לא יודע אם יהיה צורך למרכז / קנה מידה של נתונים.
כאשר ביטוי הגן מוגדל ומרוכז אתה מקטין את ההבדל בין גנים.
תאר לעצמך שיש לך גן A שבא לידי ביטוי גבוה בדרך כלל ובעל סטיית תקן של 500 יחידות לעומת גן B שלא בא לידי ביטוי הרבה ורק סטיית תקן של 5.
בגנים המוקטנים והמרכזיים שניהם תורמים אותו הדבר כי A בדרך כלל מבוטא 10000 ו- B מתבטא בדרך כלל 100 יחידות. לכן, עבור שניהם סטיית התקן היא 5% מהביטוי שלהם. כלומר וריאציה אצל אחד חשובה כמו אצל השנייה.
אם לא מוגדל (וממורכז), הגן הראשון A יתרום יותר לוריאציה מאשר לגן B, כיוון ששוני הביטוי במספרים המוחלטים גדול יותר.
שניהם משמשים בפרסומים, אבל אני חושב שהמדרגות והמרכזיות משמשות יותר, מכיוון שהממד הראשון משקף את ההבדלים בין הדגימות "טוב יותר". כמובן שאתה יכול לעשות את שניהם ולבחור את זה שעדיף להראות מה שאתה רוצה.