שְׁאֵלָה:
האם בקבצי FASTA יכולים להיות רצפי נוקלאוטיד וחלבון; או שיש להם רק סוג אחד?
user1510
2017-09-21 07:13:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

האם בקבצי FASTA יכולים להיות רצפי נוקלאוטידים וחלבונים; או שיש להם רק סוג אחד? לדוגמא, לקובץ FASTA יש 2 רצפים. האם הראשונה יכולה לקודד חומצות אמינו ואילו השנייה מקודדת בסיסים?

תודה

אחד תשובה:
gringer
2017-09-21 09:28:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אמנם אין שום דבר שמונע מאף אחד לעשות זאת בפורמט FASTA (אחרי הכל, זה רק קובץ טקסט עם '>' שמגדיר שורות כותרת), אבל אני לא מכיר שום תוכנה שתתמוך במבנה קובץ כזה. במקרה הטוב, זה יפרש את רצפי הנוקליאוטידים כרצפי חלבונים (A / C / G / T הם כולם קודי חלבון בת-אות אחת).

שאלה טובה יותר לשאול תהיה "האם מגניב במיוחד- ביואינפורמטיקה-כלי X תומכים בשילוב רצפי נוקלאוטידים וחלבונים באותו קובץ FASTA? " במקרה כזה התשובה תהיה ככל הנראה, "לא"

כֵּן. הפורמט של FASTA סלחן מאוד. כלים שצורכים נתונים בפורמט FASTA הם ... פחות סלחניים.
אם, לעומת זאת, התוכנה שלך מטומטמת ותנסה לקרוא רצף כגרעינים, יתקיימו דברים "כיפיים". האם אני מציע להשתמש במקרה זה בפורמט nexus?
מקרה השימוש הברור היחיד שאני יכול לחשוב עליו הוא פשוט להשתמש בקובץ ה- fasta כדי לאחסן את כל הרצפים שלך ואז לחלץ את כל מה שתרצה לעבד ממנו. כל כלי שיכול לחלץ רצפים ספציפיים מקובץ רב-מהיר לא צריך לדאוג אם רצפים אלה הם חלבון או נוקלאוטיד.
@terdon טכנית כן, אבל זה תרגול רע מאוד. פשוט לא תוכל למסור את הקובץ הזה למישהו אחר ללא מטא נתונים נוספים. אין תקן שמציין אם הרצף הוא DNA או חלבון, ולכן אין לצפות מאף חבילת תוכנה שתוכל להבדיל בין השניים.


ⓘ
שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 3.0 עליו הוא מופץ.
Loading...