שְׁאֵלָה:
הגדר ידנית אשכולות בסאורה וקבע גנים של סמן
Nikita Vlasenko
2018-05-08 03:20:07 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אני רוצה להגדיר שני מקבצי תאים במערך הנתונים שלי ולמצוא גנים של סמנים ספציפיים לאחד ולשני. האם יש דרך לעשות זאת ב Seurat ? נגיד, אם אני מייצר שתי קבוצות משנה על ידי הפונקציה SubsetData , האם יש דרך להזין אותם בפונקציה אחרת שתחשב גנים של סמן? אם לא, על איזה חבילות אחרות היית ממליץ לעשות זאת?

אם אתה מסתכל כאן:

https://satijalab.org/seurat/seurat_clustering_tutorial_part2.html

אני רק צריך דרך להגדיר את ident בעצמי, את מספר הרמות (2) ולהקצות מספרים לכל תא (0, 1), ואז להריץ DE בין אשכולות 0 ל- 1 וזה ברור איך לעשות אחר כך.

נושא קשור נענה ב- [github] (https://github.com/satijalab/seurat/issues/285). בדיוק כהתייחסות חלופית לתשובות המצוינות להלן)
שתיים תשובות:
plat
2018-05-08 12:46:50 UTC
view on stackexchange narkive permalink

אני חושב שאתה מחפש את הפונקציה FindAllMarkers מ- Seurat . כמו שאמרת, אתה רק צריך להגדיר את הזהות שלך, שיהיה להם מבנה של טבלה (שמות תאים כשמות ואשכול כערך):

  pident = as.factor (אשכולות) שמות (pident) = cellNames object1 @ ident = pident  

ואז הפעל את הפונקציה FindAllMarkers :

  FindAllMarkers (object1, min.pct = 0.25, min.diff.pct = 0.25)  

ניתן לציין מספר פרמטרים בפונקציה זו (סוג DE לביצוע, סף ביטוי וכו ').

Peter
2018-05-15 20:49:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

ל- Seurat יש פונקציות להוספת מטא נתונים ולהגדרת זהויות. קבל שמות תאים ייחודיים:

  cell.labels <- seuratobject @ ident  

החלף עמודה ושמה בתוויות האשכול שלך ( למשל), ואז:

  seuratobject <- AddMetaData (seuratobject, metadata = cell.labels) seuratobject <- SetAllIdent (seuratobject, id = 'yourclusterlabels')   

מכיוון שתרצה להבדיל שני אשכולות אחד לשני, אני מציע להשתמש ב FindMarkers () בניגוד ל- FindAllMarkers():

  FindMarkers (אובייקט, ident.1, ident.2)  

זה יכול גם להשוות שילובים של אשכולות.



שאלה ותשובה זו תורגמה אוטומטית מהשפה האנגלית.התוכן המקורי זמין ב- stackexchange, ואנו מודים לו על רישיון cc by-sa 4.0 עליו הוא מופץ.
Loading...