אני רוצה להגדיר שני מקבצי תאים במערך הנתונים שלי ולמצוא גנים של סמנים ספציפיים לאחד ולשני. האם יש דרך לעשות זאת ב Seurat
? נגיד, אם אני מייצר שתי קבוצות משנה על ידי הפונקציה SubsetData
, האם יש דרך להזין אותם בפונקציה אחרת שתחשב גנים של סמן? אם לא, על איזה חבילות אחרות היית ממליץ לעשות זאת?
אם אתה מסתכל כאן:
https://satijalab.org/seurat/seurat_clustering_tutorial_part2.html
אני רק צריך דרך להגדיר את ident
בעצמי, את מספר הרמות (2) ולהקצות מספרים לכל תא (0, 1), ואז להריץ DE
בין אשכולות 0
ל- 1
וזה ברור איך לעשות אחר כך.